但单位扣了我三天的工资，这合法吗？

旷工一天扣三天工资不合法。依据《劳动法》，单位不得无故克扣工资。若单位违规，可能导致劳动纠纷及不良法律后果。
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单位扣工资不合法。处理方式：1.与单位沟通，要求合理解释并改正；2.若沟通无果，收集证据，如工资条、考勤记录等；3.向劳动争议仲裁委申请仲裁，提交证据；4.对仲裁结果不满，可依法向法院起诉，维护自身权益。
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对于单位扣工资，常见处理方式有协商、仲裁、诉讼。首先尝试与单位协商；协商不成，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服，再向法院提起诉讼。